|
|
Molekulárně-biologická diagnostika lidských polyomavirů
Ryšavá, Markéta
S lidskými polyomaviry se většina lidské populace setká v dětství, kdy je první infekce bezpříznaková či s mírnými symptomy. Tyto viry ovšem v lidském těle perzistují a reaktivují se nejčastěji při imunosupresi. S reaktivací JC viru je spojena progresivní multifokální encefalopatie. S BK virem je spojena hemoragická cystitida, která má za následek ztrátu aloštěpu při transplantaci ledviny. Přesnou diagnostikou lze viry včas detekovat a zmírnit poškození tkáně. Tato diplomová práce se zabývá biotechnologiemi, které lze při detekci virů využít se zaměřením na real-time PCR, která je v diagnostice virů zlatým standardem. Literární rešerše shrnuje základní informace o polyomavirech se zaměřením na lidské polyomaviry BKV a JCV. Shrnuje biotechnologické metody používané k detekci polyomavirů, jak v rámci rutinní diagnostiky, tak alternativní přístupy zahrnující biosenzory a CRISPR. Experimentální část práce zahrnuje návrh detekčního systému pro polyomaviry od in silico analýzy genomu, přes návrh potenciálních primerů, po teoretickou analýzu specificity. Praktická část práce pak porovnává účinnost a senzitivitu amplifikace dvou re-akčních směsí, kdy je jedna určena pro jednoduché systémy a druhá pro multiplexy. Dále zahrnuje testování vybraných aditiv PCR a stanovení citlivosti a parametrů validity testu reakční směsi vybrané pro vývoj PCR systému. Výsledky poukázaly, že detekce pomocí multiplex reakční směsi je dostatečně citlivá, jelikož splňuje podmínky a požadavky klinických doporučení a současně vykazuje velmi dobré hodnoty senzitivity a specificity testu srovnatelné s publikovanými technologiemi. Tato reakční směs se jeví jako relevantní k použití vývoje a optimalizaci PCR systému pro detekci polyomavirů.
|
|
|
MikroRNA kódované polyomaviry.
Zachovalová, Veronika ; Bruštíková, Kateřina (vedoucí práce) ; Malík, Radek (oponent)
MicroRNA jsou malé regulační molekuly RNA kódované v genomu organismu. Biogeneze mikroRNA probíhá částečně v jádře a částečně v cytoplazmě. Výsledkem je funkční, 22 nt dlouhá molekula mikroRNA. MikroRNA jsou schopné umlčovat geny za pomoci sekvenčně specifické degradace cílové mRNA, nebo za pomoci represe translace cílových, komplementárních mRNA. U savců je běžnější mechanismus represe translace, kdy je mikroRNA neúplně komplementární k 3'UTR cílové mRNA. Polyomaviry jsou malé, neobalené DNA viry s cirkulárním dsDNA genomem a ikosahedrální kapsidou tvořenou pentamerami VP1 proteinu. Tyto viry se řadí mezi tzv. onkogenní viry, neboť mohou přispět k transformaci buněk a rozvoji vážných onemocnění jako je například karcinom Merkelových buněk. Ve svém genomu kódují regulační proteiny nazývané T antigeny, strukturní geny kapsidy, ale také mikroRNA. Právě na mikroRNA kódované genomem SV40, MPyV, MCPyV, BKPyV a JCPyV bude zaměřená tato práce. Klíčová slova: polyomaviry, malé interferující RNA, mikroRNA, siRNA, RNA interference, myší polyomavirus, BK virus, JC virus, SV40
|
|
|
Role JC viru v etiologii a léčbě roztroušené sklerózy.
Musil, Dominik ; Španielová, Hana (vedoucí práce) ; Šmahelová, Jana (oponent)
JCPyV je lidský polyomavirus. Infekce způsobené tímto virem bývají mnohdy bez klinických příznaků a JCPyV u infikovaných osob perzistuje po celý život převážně v ledvinách. Nejzávažnější onemocnění způsobené JCPyV je progresivní multifokální leukoencefalopatie, které způsobuje závažné demyelinizace neuronů v mozku. Kromě toho, v posledních letech se ukazuje, že k rozvoji PML dochází u některých pacientů s roztroušenou sklerózou, kteří jsou léčeni pomocí monoklonální protilátky natalizumab (Tysabri). Tato práce se věnuje analýze souvislostí mezi virovou infekcí JCPyV a etiologií roztroušené sklerózy a progresivní multifokální leukoencefalopatie. Jako rizikové faktory, které napomáhají k propuknutí progresivní multifokální leukoencefalopatie u osob s roztroušenou sklerózou léčených pomocí natalizumab, byly prokázány délka užívání natalizumab, předchozí imunosupresivní léčba a přítomnost protilátek proti JCPyV. Kromě těchto rizikových faktorů bylo také prokázáno, že u osob s progresivní multifokální leukoencefalopatií dochází k mutacím v genomu viru v regulační oblasti, stejně tak i v sekvenci kódující hlavní kapsidový protein VP1. Obě tyto mutace mohou hrát roli v patogenesi progresivní multifokální leukoencefalopatie. Klíčová slova: JC virus, roztroušená skleróza (RS), Tysabri (natalizumab),...
|
host ::
RSS.